Com o início da colheita, os produtores devem estar atentos para o armazenamento dos grãos. Alguns cuidados são importantes tanto para os produtores que possuem armazéns na própria fazenda ou para os que deslocam a produção para outras unidades armazenadoras. Descuidos ou falhas no processo de armazenamento podem favorecer a ação de pragas, causando perdas na produção.
A ação contínua de insetos e roedores, além dos prejuízos ocasionados pela redução severa de peso, deprecia o valor comercial do produto, reduz seu valor nutricional, atua como agente disseminador de fungos e favorece a deterioração do produto armazenado.
Os insetos mais nocivos aos grãos armazenados são o gorgulho Sitophilus zeamais e a traça Sitotroga cerealella.
O milho que vem do campo, freqüentemente já se encontra infestado pela traça e gorgulho, em conseqüência da capacidade de vôo desses insetos e existência, nas proximidades do campo, de algum foco de infestação. Devido ao fato destes insetos possuírem uma elevada capacidade reprodutiva e serem pequenos, o nível de infestação pode crescer rapidamente.
A melhor forma de controle destas pragas é a prevenção, através da limpeza total do depósito (paiol, silo, etc.) e arredores, expurgo, controle químico e monitoramento períodico dos grãos armazenados.
Os roedores, principalmente ratos, são animais que causam muitos estragos. Eles são animais maiores (8 a 25 cm) que possuem alta prolificidade, vivem em locais de difícil acesso, se adaptam a todas as variações de condições ambientais, são extremamente ágeis, podem consumir de 3 até 30 g por dia de grãos e devem ser combatidos até a erradicação total.
As formas mais eficientes de controle são:
a) controle indireto: eliminação de vegetação alta, lixo e entulho próximo dos armazéns e utilização de repelentes;
b) controle direto: utilização de armadilhas, venenos e controle biológico.