Centro da crise com a União Européia (UE), o Sisbov não recebeu investimentos necessários para sua evolução. Mesmo sob pressão dos europeus para aperfeiçoar o sistema, o Ministério da Agricultura gastou apenas 27,6% dos R$ 1,95 milhão disponíveis para os cinco principais programas de certificação da origem e movimentação de insumos e produtos agropecuários.